La ciudad de Burgos fue la capital de la España franquista durante la Guerra Civil Española (1936-1939) e incluso mantuvo esta condición unos meses después de finalizar la contienda, hasta que Madrid se convirtió definitivamente en sede del Gobierno, en octubre de 1939. Solo una semana después del golpe de Estado militar contra la II República, el 24 de julio de 1936, los dirigentes de la sublevación constituyeron una Junta de Defensa Nacional para coordinar la actuación de las tropas nacionales y "asumir todos los poderes del Estado" y ubicaron su sede en la capital burgalesa.

Los jefes de la sublevación escogieron a esta ciudad castellana por su lealtad a la causa, ya que fue una de las ciudades que más pronto se sumaron al golpe, y, además, por el hecho de que el cuartel general de la VI Región Militar se encontraba en la ciudad. La muerte del líder de la sublevación militar, José Sanjurjo, el 20 de julio, llevó a que para la Junta de Defensa Nacional tuviera que escogerse a un mandatario en funciones. El escogido fue el general Miguel Cabanellas.

La Junta de Defensa Nacional (julio-septiembre de 1936)

La Junta de Defensa Nacional echó a andar en Burgos el 24 de julio de 1936, compuesta en un inicio por siete miembros: Miguel Cabanellas, Andrés Saliquet, Emilio Mola, Fidel Dávila, Miguel Ponte, Federico Montaner y Fernando Moreno. El día 3 de agosto, el número de miembros ascendió a 10 con la incorporación del general Francisco Franco –en ese momento líder de las tropas sublevadas del frente sur–, Luis Orgaz y Gonzalo Queipo de Llano.

El 28 de julio la Junta había tomado ya la decisión de extender el Estado de Guerra a todo el territorio nacional y el 30 de agosto, también en la capital burgalesa, decidió retomar la bandera bicolor roja y gualda –creada en tiempos de Carlos III y vigente hasta el establecimiento de la II República el 14 de abril de 1931– para aquellos territorios bajo el dominio de las tropas sublevadas sustituyendo a la tricolor republicana. 

"El movimiento salvador de España, iniciado por el Ejército y secundado entusiásticamente por el pueblo, fundidos en el fervoroso anhelo de reanudar su gloriosa Historia, ha sido presidido espontánea y unánimemente por el restablecimiento de la tradicional bandera bicolor roja y gualda", se aseguraba en un decreto de la Junta firmado por Miguel Cabanellas, instaurando como oficial una enseña que aún no llevaba consigo el Águila de San Juan que sería incorporado más tarde.

La necesidad de establecer un mando único para las tropas sublevadas llevó a que se convocase una reunión el 21 de septiembre de 1936 en otra ciudad castellana: Salamanca. La medida fue aprobada por la Junta, con la oposición de Cabanellas, que se abstuvo de votar, y Francisco Franco fue elegido Jefe del Gobierno del Estado y Generalísimo de los Ejércitos. El 1 de octubre, Franco asumió todo el poder del nuevo Estado y se celebró un gran desfile en Burgos para celebrar la proclamación.

La Junta Técnica del Estado (octubre de 1936-enero de 1938)

Tras la asunción de todos los poderes por parte de Franco, la Junta de Defensa Nacional quedó extinguida. El nuevo dirigente constituyó entonces una Junta Técnica del Estado que también tendría su sede en Burgos, concretamente en la Casa del Cordón de la capital. 

El nuevo organismo tenía la siguiente estructura: su presidente era el general Fidel Dávila, la Comisión de Justicia la ocupaba José Cortés, la de Hacienda Andrés Amado, la de Industra Comercio y Abastos Joaquín Bau, la de Agricultura y Trabajo Agrícola la gestionó Eufemio Olmedo, la de Trabajo Alejandro Gallo, la de Cultura y Enseñanza José María Pemán y la de Obras Públicas y Comunicaciones Mauro Serret. Todos los asuntos debían pasar por la Secretaría General del Jefe del Estado, dirigida por Nicolás Franco, hermano del dictador, y, por tanto, el Generalísimo era quién dirigía de facto la Junta.

La Junta Técnica del Estado se encargó, durante el casi año y medio que estuvo en activo, de aprobar todo tipo de normas jurídicas que podían proceder de propuestas de la propia Junta, del gobernador general o de las secretarías. Con todo, la mayor parte de ellas estaban relacionadas con el devenir de la contienda y no se llevaron a cabo reformas de gran calado.

El 3 de junio de 1937, el general Dávila fue relevado en su cargo por el también general Francisco Gómez-Jordana. El motivo: el accidente de aviación que costó la vida al general Emilio Mola, uno de los principales impulsores del golpe de Estado y que dirigía el Ejército del Norte, y Franco destinó a Dávila a sucederle. En octubre de ese mismo año, ante las peticiones de Gómez-Jordana a Franco de que conformara un Gobierno propiamente dicho, el Generalísimo se mostró proclive a ello, aunque no daría forma a su primer Ejecutivo hasta enero de 1938. También tendría su sede en Burgos.

Primeros gobiernos de Franco (enero de 1938-octubre de 1939)

El primer Gobierno de Francisco Franco se constituyó el 30 de enero de 1938 en la capital burgalesa. El mismo Franco fue nombrado presidente, Francisco Gómez-Jordana vicepresidente y ministro de Exteriores, Fidel Dávila obtuvo el cargo de ministro de Defensa, Severiano Martínez Anido ocupaba la cartera de Orden Público, y Ramón Serrano Súñer, el cuñadísimo de Franco, fue nombrado ministro de Gobernación, siendo la persona más influyente del Ejecutivo después del dictador. 

En ese primer Gobierno, la mayor parte de los ministerios tuvieron su sede en Burgos, si bien el de Orden Público estableció su centro neurálgico en Valladolid. Además, los ministerios de Obras Públicos y Acción Sindical establecieron sus sedes en la también ciudad castellana de Santander mientras que Educación y Justicia se ubicaron en Vitoria.

Así como la Junta Técnica del Estado se había centrado más en cuestiones militares, el primer Gobierno de Franco emprendió ya una tarea política de calado. El 9 de marzo de 1938 aprobó y promulgó el Fuero del Trabajo –inspirado en la 'Carta del Lavoro' de la Italia fascista– y que fue la primera de las conocidas como Leyes Fundamentales. Esta norma, impregnada de ideología nacionalsindicalista -ya que había sido redactada por el Consejo Nacional de Falange Española Tradicionalista y de las JONS- consagraba el sindicalismo vertical y la justicia social, además de la intervención del Estado en la economía, como ejes económicos fundamentales de ese primer franquismo.

El 5 de abril, el Gobierno derogó el Estatuto de Autonomía de Cataluña de 1932, el 9 de abril se promulgó la Ley de Prensa, basada en la censura previa de los medios, el 5 de julio se aprobó la pena de muerte -que había sido abolida por la II República- y el 20 de septiembre se aprueba la Ley de Enseñanza Media, que concedió a la Iglesia católica el control total de la educación secundaria. Además, el 9 de febrero de 1939, este primer Gobierno aprobó la Ley de responsabilidad política que prohibió a todos los partidos políticos y asociaciones contrarios al nuevo régimen, además de a las logias masónicas. 

El 9 de agosto de 1939, Franco configuró un segundo Gobierno que aún tuvo su sede en Burgos, aunque por poco tiempo. Compuesto por 14 ministros, y con la figura de Ramón Serrano Súñer como eje central del mismo, jugó un papel importante en la gestión de la neutralidad de España en la Segunda Guerra Mundial y el envío de los voluntarios de la División Azul a apoyar a la Alemania nazi en 1941. Con todo, serían decisiones que se tomarían ya fuera de Burgos. El 18 de octubre de 1939, seis meses después del final de la Guerra Civil, el Gobierno de España se traslada a Madrid, ciudad que sigue siendo sede del Ejecutivo a día de hoy.