El ITACYL (Instituto Tecnológico Agrario de Castilla y León) ubicado en Valladolid tiene como objetivos potenciar la actividad del sector agrario y de sus industrias de transformación y actúa en áreas básicamente tecnológicas como son la investigación, la certificación de calidad, el desarrollo de infraestructuras o la promoción de iniciativas de desarrollo.

Sin embargo, desde el centro, participan en la actualidad en un convenio con la Consejería de Sanidad de la Junta de Castilla y León junto a la Universidad de Valladolid y la de Burgos, y también con CSIC, realizando la secuenciación del genoma del SARS-CoV-2, para identificar las variantes y linajes del virus, todo ello coordinado por el Hospital Clínico Universitario de Valladolid.

Marta Hernández Pérez, responsable del Laboratorio de Biología Molecular y Microbiología de Salud de ITACYL, que acumula 16 años de experiencia en el centro, asegura, en declaraciones a El Español – Noticias de Castilla y León, que suman “cinco años realizando la secuenciación para otros microorganismos” y “desde enero adaptamos el protocolo para hacerlo en coronavirus”.

Antes de este proceso de secuenciación cabe destacar que ITACYL ha participado, desde el inicio de la pandemia en la realización de PCRs y en la elaboración de medios para la conservación de muestras con hisopo.

Variante británica y una colaboración esencial

ITACYL comenzó a secuenciar el 1 de enero casos sospechosos de finales de diciembre para dar con la variante británica. Hernández nos cuenta que al principio “fue difícil adaptar el protocolo de laboratorio y de análisis bioinformático” pero que han “probado distintos métodos” para “optimizar el coste y el tiempo de análisis”.

La colaboración con el Hospital Clínico y con Río Hortega es esencial y data de varios años antes. Marta Hernández habla de esa relación “fructífera” con grandes profesionales de la medicina y de la microbiología de estos dos centros como son el doctor José María Eiros y Antonio Orduña.

“Son muchos años los que llevamos realizando el estudio de bacterias resistentes a los antibióticos y la secuenciación de bacterias problemáticas en las infecciones humanas, por eso fue muy fácil colaborar en SARS con los servicios de Microbiología de ambos hospitales. En la secuenciación también participan los demás hospitales de Castilla y León, y con estos, sobre todo con el hospital de León, también realizamos proyectos conjuntos”, nos cuenta.

El Instituto Tecnológico Agrario de Castilla y León ha comenzado a colaborar también con la Universidad de Valladolid. “Tienen muy buenas instalaciones y excelente personal y su equipo rectoral, en particular el rector Antonio Largo, que ha puesto todo de su parte para ayudar con la pandemia”, añade nuestra entrevistada en otro hombro fuerte al que arrimar en la luchar por terminar con el coronavirus.

Marta Herández. Fotografía cedida por ITACYL 

Proceso de secuenciación

La secuenciación consiste en obtener la información genética que tiene un organismo y para ello se extrae el ADN, se divide en partes, y se analiza en el secuenciador para al final determinar las letras y compararlas con los diferentes linajes para asociarlas a uno de ellos por ser 100% idénticos.

Este proceso comienza con una buena toma de muestra que se realiza en los centros de salud, hospitales, etc. Marta Hernández apunta que “resulta muy importante” la recogida de datos y “el almacenamiento de estos” y también la “realización de pruebas diagnósticas en los Servicios de Microbiología de los hospitales de la Comunidad" para “elegir cuáles se secuencian”.

Después de esto llegan hasta el Hospital Clínico, donde los doctores Sonsoles Garcinuño y Gabriel March, principalmente, se encargan de la custodia, orden y preparación de los datos para que posteriormente, desde ITACYL, se proceda a la extracción del material genético del virus que literalmente y como nos cuenta la especialista “se rompe en trocitos para poder ser secuenciado”.

“El proceso de secuenciación tiene lugar en un secuenciador automático que lee por fluorescencia las casi 30.000 letras que conforman el ARN viral. Luego aplicamos el análisis bioinformático de datos masivos para anotar los genes y las mutaciones del genoma vírico para asociar la muestra a un determinado linaje”, añade Hernández.

Imagen cedida por ITACYL 

50 linajes diferentes encontrados

Nuestra entrevistada ensalza el papel de la Consejería de Sanidad asegurando que está dotando a ITACYL de “todos los medios necesarios” para realizar su trabajo y valora el hecho de que Castilla y León sea “la segunda Comunidad a nivel nacional que más secuencias ha obtenido con una población mucho menor”.

Además han logrado optimizar el tiempo de entrega de resultados a entre uno y cuatro días, forman parte del Comité Técnico de la Red Nacional de laboratorios de secuenciación SARS-CoV-2 y van a participar en un proyecto europeo de secuenciación liderado por el ECDC (Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades) que comienza este verano.

“A nivel mundial se conocen más de 1.500 linajes del virus, aunque la mayoría de ellos sin relevancia epidemiológica. Nosotros hemos encontrado unos 50 linajes distintos”, asegura la responsable del Laboratorio de Biología Molecular y Microbiología de Salud de ITACYL.

Marta Hernández añade que “es muy difícil poder aventurar un final del virus” y añade que “depende de nosotros, de la sociedad, de la inversión en ciencia y de la actitud de las personas”.

Su trabajo y el de todos los que forman parte de esta iniciativa ayuda a ver más cerca la final del túnel en el que nos ha sumido la pandemia.