Un macroestudio con 250.000 personas alumbra 275 millones de variantes genéticas desconocidas

Un análisis de casi 250.000 secuencias genómicas completas de una amplia variedad de participantes en el programa de investigación 'All of Us' ha descubierto más de 275 milllones de variantes genéticas desconocidas. Los resultados acaban de publicarse en Nature, una de las revistas científicas más importantes de todo el mundo, y el objetivo no es otro que abordar la falta histórica de diversidad en los conjuntos de datos genómicos existentes, centrándose en aquellos que estaban infrarrepresentados.

Las puntuaciones de peligro poligénico (PPP) son uno de los avances más prometedores de la ciencia médica: un sencillo test de sangre podría determinar nuestro riesgo en base a nuestro genoma de padecer enfermedades como la diabetes, las patologías cardiovasculares, los problemas renales o diversos tipos de cáncer. Estas pruebas buscan pequeñas variantes en los genes del paciente y las comparan con unos parámetros de base. Cuánto mayor sea la variación, mayor el potencial riesgo de sufrir alguna enfermedad relacionada con estos marcadores. 

El problema, según ha alertado la comunidad científica en los últimos años, es que las bases de datos de referencia para desarrollar las PPP han usado información de pacientes de ancestría europea predominantemente. Los tests no están optimizados para comparar eficazmente las variantes presentes en el genoma con otros orígenes poblacionales y étnicos, y es una fuente de desigualdad. Pueden no reconocer, por ejemplo, el marcador de una enfermedad que solo se expresa en algunas comunidades, resultando en un falso negativo. 

"Cada vez más estudios incorporan datos genéticos de ancestría múltiple para desarrollar los PP", valora Niall Lennon, investigador del Broad Institute de Cambridge, Massachusetts. "Sin embargo, todavía quedan muchos huecos". Para completarlos, emplearon datos del programa de investigación All of Us, financiado por los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de EEUU y con más de un millón de participantes de orígenes diversos. Esta información, como publican en Nature Medicine, les ha permitido desarrollar tests mucho más versátiles, inclusivos y precisos.

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La base de datos All of Us contiene el triple de datos genéticos de personas sin ascendencia europea que cualquier otro biobanco usado para calcular puntuaciones de peligro poligénico. Además, las muestras de individuos cuyo genoma se remonta a dos poblaciones globales o más es ocho veces mayor, lo que reduce significativamente las posibilidades de un resultado falso. Los pacientes con orígenes mestizos, subrayan los autores, tienen un riesgo mayor de que los tests los diagnostiquen erróneamente.

A continuación, seleccionaron diez enfermedades concretas: fibrilación atrial, cáncer de mama, enfermedad renal crónica, enfermedad arterial coronaria, diabetes de tipo 2, diabetes de tipo 1, cáncer de próstata, hipercolesterolemia, asma y obesidad. Se localizaron los puntos específicos del genoma que analizarían como marcadores de cada una de ellas, y comprobaron si podrían ser genotipados. Para ello, compararon los resultados de las pruebas con secuencias completas tanto de pacientes sanos como de aquellos que sufrieron alguna de las diez patologías.

A base de recalibrar el PPP para los pacientes que no eran de origen europeo en un grupo diverso de 2.500 personas, los investigadores pudieron determinar que uno de cada cinco sufría un riesgo elevado de sufrir al menos una de ellas. Las variaciones étnicas entre participantes eran muy diversas, por lo que la prueba demuestra que los nuevos parámetros han dejado de privilegiar a un único gran grupo y ya son efectivos para todas las poblaciones. 

Para el siguiente estudio, la Red de Registros Electrónicos Médicos de Salud y Genómica (eMERGE por sus siglas en inglés) de los NIH quiere reclutar a 25.000 participantes, alcanzando una diversidad aún mayor. "Nuestro modelo incrementa las posibilidades de que una persona con marcadores de alto riesgo reciba un diagnóstico correctamente asignado con independencia de su ancestría genética", explica Lennon.

"La diversidad que abarca la base de datos All of Us ha sido determinante para conseguirlo", celebra el investigador. No obstante, advierte sobre las desigualdades aún presentes en el acceso a la Sanidad. "Una prueba PPP solo será útil para un paciente que tenga los medios para prevenir la enfermedad o para tratarla en estado temprano. Aquellos que no tengan cobertura sanitaria no se beneficiarán de las medidas de seguimiento, como el aumento de la frecuencia de las pruebas", concluye.