Tras el golpe de estado del 18 de julio de 1936, el bando nacional sondeó diferentes hombres que encabezaran el alzamiento hasta que Franco se convirtió en aquel cabecilla que una vez derrotado al bando republicano sería proclamado Caudillo de España. Para ello, tuvo que rodearse de hombres fieles y con experiencia en el ámbito militar y político.
Hasta la fecha del alzamiento, Juan Beigbeder no representaba un cargo relevante en Marruecos. No obstante, una vez empezó la guerra, pasó a ocupar una posición prominente entre las autoridades del régimen franquista en el Protectorado. Ejerció como delegado de Asuntos Indígenas en primera instancia y a partir de 1939 fue ministro de Asuntos Exteriores.
Tal y como escribe María Rosa de Madariaga, especializada en el estudio de las relaciones entre Marruecos y España y escritora de Marruecos, ese gran desconocido (Alianza), de Beigbeder cabe retener sobre todo dos cosas por las que Franco lo tenía en gran estima. En primer lugar, fue uno de los responsables de que miles de marroquíes se unieran al alzamiento contra la República. Por otra parte, sentía gran admiración por la Alemania nazi y los demás países que habían abrazado el fascismo —había sido agregado militar en la embajada de Berlín de 1927 a 1934—, por lo que fue la persona idónea para entablar los primeros contactos con Hitler y el Tercer Reich.
De hecho, la primera petición de ayuda al Reich se trataba de un telegrama que Beigbeder y Franco enviaron conjuntamente al militar y oficial de inteligencia alemán Karl-Erich Kühlenthal. Asimismo, la mano derecha de Franco por aquel entonces mantenía excelentes relaciones con los círculos nazis de Tetuán.
"A pesar de su carácter volátil e inestable y su afición por las «señoras exóticas», en palabras del propio Franco, hacían de él una persona poco fiable, el dictador español lo apoyaba y lo protegía, encontrando en él un excelente y fiel colaborador", escribe de Madariaga.
Finalmente, se especula que sus indiscreciones sexuales, sumados a los desencuentros con Serrano Suñer, terminó siendo apartado de las funciones relevantes de la dictadura franquista. Retirado de la vida pública, aquel que tanto compartía en Marruecos con Franco, falleció en el olvido en el año 1957.