Su debut en MotoGP le convirtió en la revelación de la temporada en 2017. Con el equipo Yamaha Tech 3 consiguió dos poles y tres podios que ratificó un año después con otras tres poles y otros tres podios. Johann Zarco era el piloto deseado por todos, pero su decisión de fichar por KTM y rechazar al Repsol Honda dejó perplejo a casi todos. Un fichaje que no cuajó desde el primer minuto y que mediada la campaña 2019 hizo que el francés se quedara sin moto. Finalizó la temporada como sustituto del lesionado Takaaki Nakagami en las filas del equipo LCR Honda y llegó al final de año sin proyectos para 2020. El equipo Avintia le acogió gracias a un contrato de fábrica con Ducati y con una moto de la pasada temporada.
El francés quiere un sitio en el equipo oficial de la marca de Borgo Panigale y los argumentos le sobran tras conseguir la pole en el circuito de Brno tras la caída de su compatriota Fabio Quartararo, autor de las dos primeras poles de la temporada. El rapidísimo piloto francés venía mejorando su registro cuando sufrió una caída en la curva 13 en su último ataque al crono.
De esta forma, Zarco se adjudicó su sexta pole en MotoGP tras la última lograda en Sepang en 2018 mientras que Quartararo y su compañero Franco Morbidelli completaron la primera línea de la parrilla de salida del Gran Premio de la República Checa.
Aleix Espargaró abrirá la segunda línea de la parrilla, logrando el mejor resultado de Aprilia en la categoría reina, mientras que Maverick Viñales saldrá quinto tras mostrarse contrariado en la clasificación. A Pol Espargaró (sexto) le fue cancelado el registro que le situaba segundo después de no haber respetado la bandera amarilla provocada por el accidente de Cal Crutchlow en los últimos instantes de la sesión.