Era 1 de marzo de 1513, y apenas había pasado una semana desde que falleciera en Roma el Papa Julio II, mecenas de los maestros Rafael y Miguel Ángel, cuando en Burgos estaba naciendo Francisco de Salinas.
Su padre, que militaba a las órdenes del emperador Carlos I, tuvo claro que quería enfocar su educación a los estudios de órgano y canto, porque, como él decía, era útil y honesta profesión y que muchas veces mediante el oído se alcanzaba la razón. De hecho, Salinas mostraba buenas dotes para ejecutar música, pero él sin embargo se interesó más por lo teórico y lo filosófico de este arte, y por eso decidió aprender latín y griego con una aristócrata a la que él a cambio le daba lecciones de órgano. Estos años también estudió Filosofía y Artes en Salamanca.
Cuando tenía veintitrés años, su familia comenzó a pasar apuros y Salinas tuvo que abandonar el estudio e incorporarse al servicio de Pedro Sarmiento, que además de familiar suyo, era arzobispo de Santiago de Compostela y capellán mayor del emperador, con la buena suerte, para Salinas de que al poco, al arzobispo se le nombró cardenal, y Salinas se vio alegremente abocado a viajar a Roma con él, y bajo su protección, continuar formándose como músico. Se mudó allí y pasó veintitrés años en Italia.
Los papas Pablo III, Pablo IV y Pío IV favorecieron su estancia en Roma, protegiéndolo y ofreciéndole beneficios que le reportaron ingresos económicos procedentes de iglesias de Jaén y Burgos, y que se sumaban a lo que ya ganaba como organista. Además, ese apoyo papal, le permitía acceder a la Biblioteca Vaticana donde, gracias a los conocimientos que de joven había adquirido en lenguas clásicas, pudo leer tratados antiguos clásicos y medievales, como los de Ptolomeo, Boecio, Porfirio, Aristógenes o Zarlino, y de otros teóricos italianos de su tiempo que fueron determinantes en su futuro como teórico.
Tras leer a Vitrubio, aprendió que, además de ejecutar bien hay que ser buen teórico para llegar a ser una autoridad en la materia, en esa o en cualquiera de las artes. Salinas sabía que lo primero lo tenía, pero precisaba ahondar más como teórico. Junto a esta formación teórica, Salinas tuvo la oportunidad de conocer en Italia a músicos de la talla de Francisco de Milán, Orlando Lasso o Bartolomé de Escobedo, cantor de la capilla papal, de quien se hizo buen amigo.
Tras Roma vivió un lustro napolitano, en el que estaba contratado como organista por el Cabildo del virreinato de Nápoles para la capilla del propio duque de Alba y cuyo director era Diego Ortiz. Al poco, y, sugerido por el virrey, el mismo Papa nombró a Salinas abad de San Pancracio de Rocca Scalegna en Nápoles, un eje musical de reputación en esos tiempos.
Al terminar en Nápoles, regresó a España en 1559, y se instaló en Sigüenza, donde consta que estuvo unos cuatro años como organista de la Catedral. Y de Sigüenza a León, donde cobraba trescientos ducados más el alojamiento por tocar los días solemnes en la Pulchra Leonina. Cuatro años estuvo allí hasta que decidió dar un giro dejando de ejecutar música sacra para centrarse en la teoría, ya en círculos universitarios. Marchó a Salamanca en 1567 y obtuvo su Cátedra de Música con gran apoyo del rector, quien incluso propuso subir el sueldo de dicha cátedra a cien mil maravedís, para evitar la fuga de ese cerebro. En el acta del claustro se ensalzó no solo la figura de Salinas sino la importancia que la música especulativa y práctica tenían para la formación universitaria y que Salinas, con su bagaje italiano sería el único en España que podía enseñar dicha disciplina.
A partir de entonces, se lee su nombre en numerosas entradas de libros de claustros universitarios, en los que Salinas aparece preocupado por todos los aspectos ligados a la música, como, por ejemplo, la dotación de libros para las festividades de la institución universitaria, o las labores de mantenimiento de los órganos de la Universidad y de sus capillas.
Es aquí donde aparece fray Luis de León, catedrático de Teología en la facultad salmantina, y que llegó a hacer muy buenas migas con el músico. El fraile daba su voto favorable en todos los claustros celebrados anteriormente respecto al acogimiento de Salinas como catedrático de la Universidad, y a cambio, Salinas apoyaba a fray Luis en el proceso inquisitorial abierto contra él en 1572 por traducir al castellano el Cantar de los Cantares. Ese afecto recíproco derivó en la conocida “Oda a Salinas” que fray Luis dedicó a su amigo.
La aportación de Salinas a la historia de la música renacentista española fue primeramente como músico práctico, ya que era un virtuoso, como dejó entrever Vicente Espinel en su obra picaresca de título “Vida del Escudero Marcos de Obregón”: “[...] aquel príncipe de la música, el abad Salinas [...] yo le vi tañer el instrumento de tecla que dejó en Salamanca, en que hacía milagros con las manos [...]”. Pero su aportación más trascendente fue su labor como teórico, lo cual queda patente en su tratado “De musica libri septem”, escrito en 1577, cuando era catedrático en Salamanca. Se lo dedicó a Rodrigo de Castro, obispo de Zamora, por considerarlo un gran impulsor de las artes y de la música en particular y al que tenía como un hombre musicalmente muy culto. El libro está considerado una de las principales fuentes teóricas y humanísticas del renacimiento español, donde, partiendo de los principios teóricos de las fuentes clásicas y apoyándose en las ideas expuestas por teóricos italianos coetáneos suyos, sintetiza el conocimiento musical de su época y expone criterios, en algunos casos originales, sobre la teoría rítmica y armónica.
En 1587 Salinas se jubiló de la docencia, pero siguió ejerciendo como organista hasta su muerte en enero de 1590. En fin, una historia de vida que no está nada mal, la del burgalés, teniendo en cuenta que era ciego desde su niñez.